No período em que Edmundo Navarro de Andrade esteve envolvido com o Horto Florestal (ele faleceu em 1941), e até a década de 60, o museu manteve suas características originais. Foi a época áurea do Horto. Com a estatização da Companhia Paulista de Estradas de Ferro e mais tarde com sua incorporação num organismo mais amplo e menos diferenciado chamado FEPASA (A FEPASA - Ferrovia Paulista S/A - foi criada pelo Governo do Estado de São Paulo através do Decreto 10.410, em 28 de outubro de 1971, a partir da fusão e centralização administrativa, numa única instituição, das cinco ferrovias estatais sob o seu controle: a Estrada de Ferro Araraquarense, a Estrada de Ferro São Paulo-Minas, a Estrada de Ferro Sorocabana, a Companhia Mogiana e a Companhia Paulista. Em 1998, visando à redução do déficit público estadual, o Governo Paulista transferiu a FEPASA para a União, sendo incorporada à RFFSA - Rede Ferroviária Federal S.A. - recebendo o nome de "Malha Paulista". Incluída no PND - Plano Nacional de Desestatização, a concessão para a exploração da Malha Paulista foi transferida à FERROBAN, que, em 1º de janeiro de 1999, assumiu a gestão e a exploração comercial das linhas e dos serviços remanescentes. Parte do patrimônio imóvel e rodante da Malha Paulista permaneceu sob controle da União, que está aos poucos leiloando-o, em decorrência do processo de liquidação da RFFSA. Da antiga FEPASA, permanecem ainda sob controle do Governo do Estado de São Paulo os serviços, bens rodantes e imóveis das linhas de trens de subúrbio situadas na Região Metropolitana da Grande São Paulo, cujo patrimônio foi incorporado pela CPTM - Companhia Paulista de Trens Metropolitanos, por quem é atualmente operado), o Horto começaria seu declínio. Tanto é verdade que, no início dos anos 70, a comunidade rio-clarense já manifestava a sua insatisfação com a situação de decadência em que ele se encontrava. Muitas pessoas, inclusive de forma anônima, lutaram pela sua manutenção e preservação, dando início a uma campanha visando o tombamento, pelo CONDEPHAAT, como meio de preservação, o que viria a ocorrer somente em 1977.

Na época, havia uma grande esperança de que o tombamento trouxesse um uso correto para o Horto. Infelizmente isso não aconteceu. De um lado devido às insuficiências operacionais do próprio órgão de tombamento e de outro pelas influências dos mais diversos interesses de pessoas que desejavam dispor do seu controle. Seu declínio teve continuidade: o lago, outrora atração de lazer dos cidadãos, perdeu sua função e uso; acabaram-se os passeios de charretes; as linhas de ônibus regulares pararam de circular; o restaurante foi abandonado. E acabou-se com o que consideramos mais importante - as possibilidades de visitas ao Museu. O Jornal "Cidade de Rio Claro" de 23 de janeiro de 1974, estampava a manchete: "Horto está abandonado". A matéria trazia a informação de que o museu estava fechado para reforma, porém, esta estava interrompida já há muito tempo.

Vinte e três anos depois, no ano de 1997, com a FEPASA convertida numa imensa sucata e estando para ser privatizada, um de seus bens era justamente o Horto Florestal. Falava-se em anexá-lo a algum órgão, vendê-lo, abandoná-lo. A comunidade rio-clarense mais uma vez mobilizou-se. Criou-se o "Movimento S.O.S. Horto Florestal": milhares de assinaturas chegaram ao governo do estado e, assim ele foi transferido, em 1998, para a Secretaria de Estado do Meio Ambiente. Mas a recessão, as crises econômicas, as insuficiências de recursos etc., fizeram com que o Horto continuasse ainda que com seus rumos bastante incertos.

No ano de 2002, o Horto Florestal mudou de categoria, por força do Decreto 46.819 de 11 de junho de 2002, passando a se chamar Floresta Estadual "Edmundo Navarro de Andrade" (FEENA), cuja área  de 22.305.338,0255 metros quadrados ou 2.230,5338 hectares, abrange os municípios de Rio Claro e Santa Gertrudes. Antigamente a área da Floresta era maior. Desde a década de 20, com o crescimento da cidade, muito se perdeu para dar lugar à formação de vários bairros. Nessa nova modalidade, está aos cuidados do Instituto Florestal do Estado de São Paulo, com todo o seu acervo histórico, científico e cultural. A promulgação deste decreto, facilitou a inserção da FEENA no Sistema Nacional de Unidades de Conservação da Natureza - SNUC, que estabelece critérios e normas para a criação, implantação e gestão das unidades de conservação, determinados na Lei nº 9985, de 18 de julho de 2000, posteriormente regulamentada pelo Decreto nº 4340, de 22 de agosto de 2002.

Mas as inquietações ainda continuam. A floresta tem demasiada proximidade com a civilização. São oito quilômetros em contato com a malha urbana. O que se vê nessas áreas é muito desrespeito: lixo, descuido e invasão. Há poucas pessoas que se preocupam em fazer da floresta a continuidade de sua casa.

Toda aquela área enumerada no decreto realmente existe? Onde a Floresta começa e termina? Porque ela não está adequadamente cercada? Por que razão tem ocorrido tantos incêndios? E o que dizer da preservação das edificações (Solar Navarro de Andrade, Núcleos Coloniais, Sobrado Amarelo, Capela de Santo Antônio dos Eucaliptos, etc.), talhões de eucalipto e do próprio Museu? As notícias recentes tem sido uma afronta a Edmundo Navarro de Andrade: dentro da Floresta crimes são cometidos; ela é ponto para a circulação de drogas e desmanche de veículos, e é também um grande espaço para jogar lixo e para invasões.

Se a sociedade se mobilizar, é possível reorganizar a Floresta e torná-la viável como nos anos de glória da Paulista. Isso pode soar como um grande desafio, mas, se os cidadãos rio-clarenses colaborarem, há condições para tanto. Eu estou fazendo a minha parte. E você? Está fazendo a sua?